魔禁资料
科学世界存在着超能力，宗教的世界存在着魔术。
由现实和非现实──看似无法相容的世界观混合而成的作品。
一边是拥有超先进科技，布满着机械的学园都市，另一边则是布满着圣经和炼金术的魔法世界。
水火不容的两个世界交织为本作主题。
故事讲述的是从东京都西部被分割出来的学园都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。
在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。
他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。
根据能力不同，可以分为7级，从无能力（Lv0）到绝对能力（Lv6）。故事的主人公上条当麻是这里的一个无能力者，一直过着不幸的生活，但他并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能(包括超能和魔法)效果无效化，名叫幻想杀手。
某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女，这位少女自称自己的名字叫**目录（Index），从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。
就这样，上条当麻的命运被彻底改变。掌握了十万三千本魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年，将面临一系列惊险故事。
御坂妹妹
御坂妹妹是御坂美琴的克隆人。表层目的是为了让一方通行进化到LV6所制造出来，其一般个体共制造了20000个，所有妹妹的脑波彼此连线，构成“御坂网络”，可以互相联系。御坂美琴第一次见到的是御坂9982号。上条当麻在妹妹事件中第一次见到的是御坂10031号。御坂00001到10031号都已被一方通行杀死。其上位个体是“最后之作”，另外还有没有连入御坂网络的御坂0000号和番外个体等。
SkillOut
学园都市无能力者的武装集团之统称。大多是翘课不去学校和夜间行动的家伙。通常会以一群人袭击等级较低的能力者。是风纪委员和警备员之痛。
统括理事会
学院都市的统治机构，由1位理事长和12位理事组成。全面管理和统治着都市，享有贵族式的特权。在学院都市构建起地狱般黑暗残酷的暗部世界。
暗部
学园都市的地下组织，数据库有记载的至少五个，为各自目的而行动。直属统括理事长亚雷斯塔或统括理事会。任务是进行“无法向外界表达的事”，包括暗杀、灭口、消除资料和镇压等。
学舍之园
位于第七学区。由包括常盘台中学在内的五所贵族女校共有的校园，藉由合资方式创造出更稳定的安全体制，占地超过一般学校的十五倍大，是个被栅栏围住的封闭空间并不对外开放，进入需要通行证，就连大霸星祭“学舍之园”也不是竞技场，这是因为一切超能力开发器材都是在这里制造的，并未外包给外界，以避免机密技术外泄，“学舍之园”中有2458个摄像头时时监控。除了大量特殊课程所必须使用到的实验设施，还挤进了为数众多的制造和贩卖设施。“学舍之园”内没有百货公司或购物中心之类的大型店铺，上课或校园生活所必须用到的东西都各自有专门贩卖的店铺，而大型建筑都是研究机构。各设施的外观皆统一为西式风格，整体看来就像是个紧邻地中海的小镇。校园中亦有女性司机驾驶的通往学舍之园外的巴士公交，由五校共有。
虚数学区?五行机关(PrimaryKnowledge)
一般被认为是学园都市最初的研究所，谣传是暗中统治学园都市的组织，外部教会和魔术师则认为是亚雷斯塔居住的“没有门窗的建筑”。实际上是0万人份能力者放出之AIM扩散力场重叠而成的存在，本不会思考也没有意识但在亚雷斯塔的故意引导下产生了意识，即风斩冰华。亚雷斯塔想利用这制造“人工天界”。
科学结社
学园都市的外部组织。和天井亚雄与结标淡希勾结，企图利用结标取得树形图的设计者残骸并加以复原。
大霸星祭
学园都市所有学校一同举办的超大规模运动大会，于9月19日到25日一周内举办。期间内学园都市几乎对外公开，也有电视转播。虽然比赛内容和一般的运动会差不多，但因为推荐使用超能力(不得危害观众，因此也有高等级能力者反而无法施展能力)，几乎成为华丽的超能力大战。
能力体结晶实验
由先进教育局木原研究所所长木原幻生主导的实验。对外称为「AIM扩散力场制御实验」。实际上是「暴走能力法则解析用诱爆实验」，目的是刺激能力者AIM扩散力场，然后寻找失控条件。被试验者是“弃童（置き去り）”，实验的成功需要取得被试验者详细的成长数据，加以细心观察并作出相应的调整。通过提取失控者的脑内分泌物通过采集失控者脑内的分泌物并将其精炼后就得到了「能力体结晶」，并将「能力体结晶」用于经过精选的能力者身上，实现「以凡人之**，领悟天之意志者」的终极目标，创造出绝对能力者（Level6）。这才是「能力体结晶实验」的真正目的。实验的最初受验者是木原幻生的孙女泰瑞丝缇娜?木原?莱夫雷恩，并从其脑中提取出“最初样本”。通过采集那些沉睡者的失控能力者的神经传达物质，将其与最初样本进行融合，与此同时能力体结晶将获得抑制力，并最终成为完成品，因此沉睡中的“弃童”就是成为了必要。由于春上衿衣在特定波长下能够发挥超越等级的接受能力，泰瑞丝缇娜试图通过将春上的能力与结晶体共振将使春上最终成为绝对能力者。这就是最终的「能力体结晶实验」。
量产型能力者计划
该计划是解析生产出超能力者的基因序列方程式，目的在于百分之百确实生产在偶发下才会产生的超能力者。进行「量产型能力者计划」的是?口制药第七学区研究中心，由天井亚雄负责。「量产型能力者计划」使用“超电磁炮”御坂美琴的DNA进行量产“妹妹们”的实验。为了加快“妹妹们”**和人格的成长速度，实验使用了Zid－02、Riz－13、Hel－03等药物在十四天后就可以得到与超电磁炮相同的**，而言语、运动及伦理等基本的脑内情报由学习装置强行输入，每个“妹妹”单价18万日元。但是在实验最后阶段，根据“树形图设计者”的演算结果，量产出来来的“妹妹们”的能力还不及超电磁炮的1%，平均只有等级2的程度，不论基因操作还是后天教育都无法做成等级5的超能力者的复制人，因此超电磁炮量产计划“妹妹们”被永久冻结。后来由于「运用“妹妹们”的绝对能力者进化法」的需要，量产计划再次启动，但是为防止叛乱在基本的脑内情报中没有输入感情程序。
绝对能力者进化计划
学园都市能力开发的终极目标是「以凡人之**，领悟天之意志者」，为了更进一步靠近神而需要创造出超越人类的存在――绝对能力者（Level6），以超越人类的存在理解神明的意志。为此诞生了「绝对能力者进化计划」。经过“树形图设计者”精密演算，学园都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有机会进化为绝对能力者（Level6），但是需要二百五十多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者（Level6）。因为没有能使人能够活二百五十年的方法，因此“树形图设计者”有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好一百二十八种战场将超电磁炮杀害一百二十八次，一方通行便可以进化为绝对能力者（Level6）。但是因为无法准备一百二十八个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的「能力者量产计划」中的“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%――也就是「Level2」的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及两万名“妹妹们”也可以达到相同的目的。最初的9802项实验在研究所内进行，而剩下的10198项实验则需要在户外进行，由于涉及到尸体处理问题，所以战场集中在学园都市的第七学区。
黑暗的五月计划
「黑暗的五月计划」是学园都市暗地里进行的，非人道的计划之一。在分析了学园都市最强能力者的演算模式后，将其一部分强行植入他人身体，然后利用人格的稳定性与替换效果而让能力的强度飞跃一个档次的计划。绢旗最爱和黑夜海鸟都是该实验的参与者并以此受益。
监视卫星
学园都市上空有三颗监视用的人造卫星，除了监视之外还有其他功能：
织女星一号卫星所搭载的树形图设计者（TreeDiagram）
由织女一号卫星搭载的树形图设计者是拥有惊人演算能力的超级电脑，可以通过预测世界上所有空气粒子的动向来预知天气，名义目的时分析气象资料，但实际上是用来计算研究实验的结果，诸如药物反应、生理反应、电子反应等，一切都可以交由树形图设计者来演算。为抵御外敌，树形图设计者被安置在学园都市发射的人造卫星“织女星一号”上。但被暴走的茵蒂克斯用“龙王的叹息”击毁。
牛郎星二号卫星所搭载的大口径对地激光炮
由“牛郎星二号”卫星搭载的大口径对地激光炮是利用白色光波进行光学轰炸，目前尚处试验阶段。在对目标进行四千度高温灼烧的同时，白色光波能和紫外线一样破坏细胞核，使其癌变。照射范围最小半径五米，最大半径三公里，每小时可以发射一发。除了搭载光学武器，牛郎星二号的主要任务还是监视学院都市和周边区域。在22卷对右方之火进行炮击时，被右方之火破坏。
黄金黎明
曾是欧洲最早、最大的魔法结社，在很久以前已解体，分散成的小组织统称“黄金系”。亚雷斯塔.克劳利在退出魔法侧成为学园都市理事长之前曾是其中成员。“黄金黎明”魔法结社是目前已知的实力最强组织，但早在故事开始前就已经分裂，原因不明。芭?薇所在的“绯色日照”魔法结社也是其中的一个分支。
英国清教
位于英国的十字教分支，英国三大派系中的“清教派”。内部派系林立，势力复杂。代表英国与学园都市结盟。原型是现实中的英国国教。其中著名的有：
必要之恶教会：英国清教下属“第零圣堂区”，清教的核心。专门为魔女狩猎、异端审问，对付魔术师这些“恶事”设立，久而久之成了清教的核心机构。最高主教罗拉.斯图亚特也是清教实际领导者和最大主教。
天草式十字凄教：幕府时代延续至今的日本地下教会组织。为了躲避幕府追击，将教义彻底的伪装成神道和佛教，因此朝着和其他教会往不同的方向进化。专长是在台面下做事，将偶像原理发挥到极致，能够以对话、吃饭、穿着等看似无所谓的动作进行魔术咏唱或仪式，同时是擅长武器的战斗集团。根据第四集，由于融合佛教、教会、与神道，彼此截长补短，似乎已消除所有弱点。规模很小，只有50人左右的战力。于第七集开始被纳成了英国清教的一部份。神裂火织为其原女教皇。
罗马正教
在世界上，横跨113国，拥有20亿信徒；是世界最大十字教分支。信徒虽多，大多数是不会魔术的一般人，魔术势力和英国差不多。在各种派系的教会组织中特别讨厌科学势力。名义领袖为罗马教皇，实际受着“神之右席”左右。原型是现实中的天主教廷。
于第十一卷结尾向上条当麻发布格杀令。
于第十三卷的“0930”事件后对学园都市宣战。其中除了教皇、司教、“十三骑士”外，还有：
神之右席：魔术势力的最深处势力，罗马正教中最大的地下组织，被称为罗马正教的最终兵器。未详加描述，但似乎是远离一般魔术师的存在。神之右席无法使用一般魔法。成员共四名，并且对照主要的四大天使赋予相对的属性称谓，有“右方之火”、“左方之地”、“前方之风”、“后方之水”四人，实力都是恐怖至极。本是为辅佐教皇而设，但往往引其强大力量反而左右教皇。组织目的似乎是要达到“神上”。受头目右方之火指挥，于第十一集开始对上条当麻展开格杀行动，意图得到其右手。在其他三人均失败后右方之火亲自出动，掌控了正教实权并发起第三次世界大战来完成自己的计划。在第二十二集中，右方之火亦被上条当麻击败后，神之右席名存实亡。
葛利果圣歌队：罗马正教的最终兵器。以3333的修道士组成，向放大镜一般能够增幅魔术。向着被奥雷欧斯?伊萨德所占领的三泽补习班发射攻击魔术，却因为黄金炼成而被反弹后消灭。此外，奥雷欧斯也利用这个原理完成黄金炼成。
俄罗斯成教
位于俄罗斯的十字教分支。专长幽灵狩猎的教会组织。与罗马正教联合。在右方之火指使下操控俄罗斯政府发起第三次世界大战。原型是现实中的东正教。专长幽灵狩猎的教会组织。向鬼火等现象当成是伪装人类灵魂的存在，尽管是真正幽灵也因为是罪人的灵魂，都毫不宽容的加以狩猎。具有能将心灵现像在现场以原本方式呈现的管理缩小再现设备。
有翼者归来
美洲最大魔法组织，总部位于墨西哥一艘废弃油轮上。使用阿兹台克的多种术式，善用人皮伪装成别人。掌握着大量魔法飞艇“云海之蛇”与魔法卫星“太阳之蛇”。曾与美国西海岸的学芸都市开战，遭到御坂美琴的重创。之后组织发生革命推翻旧领导者。现在正在进行将原典用于实战的实验。
术语
魔法
使用异世界的法则引起各种现象的学问。并非针对能力者设计，能力者使用后会引起拒绝反应，最坏的情况还会死亡(包括等级0的无能力者)。就算是非能力者，若信仰心低下的人频繁使用还是有脑袋出问题的危险。“幻想杀手”不属于魔法。
魔法师
使用魔法的一群人，前身必为“没有才能的人们”，即非能力者。
魔法名（拉丁文+数字）（魔法名（ラテン?语+xxx））
魔法师使用魔法的理由，成为魔法师时谨记在心。前面是拉丁文词组，为防止重复后面接数字。数字重复时处置方式不明。
开始流行于19世纪后，是“近代魔法师”的一大标志。
作品中经常战斗时没报上魔法名，因为基本上是属于不允许杀生的宗教，在教会势力中以不喜欢杀生的人居多，且同样信仰者不应该互相残杀。
茵蒂克丝Dedicatus545献身的羔羊守护强者的知识
史提尔马格努斯Fortis931在此证明我乃最强之理由
神裂火织Salvere000对无法拯救的人伸出援手
土御门元春Fallere825背后捅人刀
奥雷欧斯?伊萨德Honos628将我的名誉献给世界
雪莉?克伦威尔Intimus115将一切奉献给已逝故友
欧莉安娜?汤姆森Basis104担任基础者
后方之水Flere210改变落泪理由者(暂译)
术式
魔法的具体运用形式，用途、种类千差万别。
由现实和非现实──看似无法相容的世界观混合而成的作品。
一边是拥有超先进科技，布满着机械的学园都市，另一边则是布满着圣经和炼金术的魔法世界。
水火不容的两个世界交织为本作主题。
故事讲述的是从东京都西部被分割出来的学园都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。
在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。
他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。
根据能力不同，可以分为7级，从无能力（Lv0）到绝对能力（Lv6）。故事的主人公上条当麻是这里的一个无能力者，一直过着不幸的生活，但他并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能(包括超能和魔法)效果无效化，名叫幻想杀手。
某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女，这位少女自称自己的名字叫**目录（Index），从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。
就这样，上条当麻的命运被彻底改变。掌握了十万三千本魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年，将面临一系列惊险故事。
御坂妹妹
御坂妹妹是御坂美琴的克隆人。表层目的是为了让一方通行进化到LV6所制造出来，其一般个体共制造了20000个，所有妹妹的脑波彼此连线，构成“御坂网络”，可以互相联系。御坂美琴第一次见到的是御坂9982号。上条当麻在妹妹事件中第一次见到的是御坂10031号。御坂00001到10031号都已被一方通行杀死。其上位个体是“最后之作”，另外还有没有连入御坂网络的御坂0000号和番外个体等。
SkillOut
学园都市无能力者的武装集团之统称。大多是翘课不去学校和夜间行动的家伙。通常会以一群人袭击等级较低的能力者。是风纪委员和警备员之痛。
统括理事会
学院都市的统治机构，由1位理事长和12位理事组成。全面管理和统治着都市，享有贵族式的特权。在学院都市构建起地狱般黑暗残酷的暗部世界。
暗部
学园都市的地下组织，数据库有记载的至少五个，为各自目的而行动。直属统括理事长亚雷斯塔或统括理事会。任务是进行“无法向外界表达的事”，包括暗杀、灭口、消除资料和镇压等。
学舍之园
位于第七学区。由包括常盘台中学在内的五所贵族女校共有的校园，藉由合资方式创造出更稳定的安全体制，占地超过一般学校的十五倍大，是个被栅栏围住的封闭空间并不对外开放，进入需要通行证，就连大霸星祭“学舍之园”也不是竞技场，这是因为一切超能力开发器材都是在这里制造的，并未外包给外界，以避免机密技术外泄，“学舍之园”中有2458个摄像头时时监控。除了大量特殊课程所必须使用到的实验设施，还挤进了为数众多的制造和贩卖设施。“学舍之园”内没有百货公司或购物中心之类的大型店铺，上课或校园生活所必须用到的东西都各自有专门贩卖的店铺，而大型建筑都是研究机构。各设施的外观皆统一为西式风格，整体看来就像是个紧邻地中海的小镇。校园中亦有女性司机驾驶的通往学舍之园外的巴士公交，由五校共有。
虚数学区?五行机关(PrimaryKnowledge)
一般被认为是学园都市最初的研究所，谣传是暗中统治学园都市的组织，外部教会和魔术师则认为是亚雷斯塔居住的“没有门窗的建筑”。实际上是0万人份能力者放出之AIM扩散力场重叠而成的存在，本不会思考也没有意识但在亚雷斯塔的故意引导下产生了意识，即风斩冰华。亚雷斯塔想利用这制造“人工天界”。
科学结社
学园都市的外部组织。和天井亚雄与结标淡希勾结，企图利用结标取得树形图的设计者残骸并加以复原。
大霸星祭
学园都市所有学校一同举办的超大规模运动大会，于9月19日到25日一周内举办。期间内学园都市几乎对外公开，也有电视转播。虽然比赛内容和一般的运动会差不多，但因为推荐使用超能力(不得危害观众，因此也有高等级能力者反而无法施展能力)，几乎成为华丽的超能力大战。
能力体结晶实验
由先进教育局木原研究所所长木原幻生主导的实验。对外称为「AIM扩散力场制御实验」。实际上是「暴走能力法则解析用诱爆实验」，目的是刺激能力者AIM扩散力场，然后寻找失控条件。被试验者是“弃童（置き去り）”，实验的成功需要取得被试验者详细的成长数据，加以细心观察并作出相应的调整。通过提取失控者的脑内分泌物通过采集失控者脑内的分泌物并将其精炼后就得到了「能力体结晶」，并将「能力体结晶」用于经过精选的能力者身上，实现「以凡人之**，领悟天之意志者」的终极目标，创造出绝对能力者（Level6）。这才是「能力体结晶实验」的真正目的。实验的最初受验者是木原幻生的孙女泰瑞丝缇娜?木原?莱夫雷恩，并从其脑中提取出“最初样本”。通过采集那些沉睡者的失控能力者的神经传达物质，将其与最初样本进行融合，与此同时能力体结晶将获得抑制力，并最终成为完成品，因此沉睡中的“弃童”就是成为了必要。由于春上衿衣在特定波长下能够发挥超越等级的接受能力，泰瑞丝缇娜试图通过将春上的能力与结晶体共振将使春上最终成为绝对能力者。这就是最终的「能力体结晶实验」。
量产型能力者计划
该计划是解析生产出超能力者的基因序列方程式，目的在于百分之百确实生产在偶发下才会产生的超能力者。进行「量产型能力者计划」的是?口制药第七学区研究中心，由天井亚雄负责。「量产型能力者计划」使用“超电磁炮”御坂美琴的DNA进行量产“妹妹们”的实验。为了加快“妹妹们”**和人格的成长速度，实验使用了Zid－02、Riz－13、Hel－03等药物在十四天后就可以得到与超电磁炮相同的**，而言语、运动及伦理等基本的脑内情报由学习装置强行输入，每个“妹妹”单价18万日元。但是在实验最后阶段，根据“树形图设计者”的演算结果，量产出来来的“妹妹们”的能力还不及超电磁炮的1%，平均只有等级2的程度，不论基因操作还是后天教育都无法做成等级5的超能力者的复制人，因此超电磁炮量产计划“妹妹们”被永久冻结。后来由于「运用“妹妹们”的绝对能力者进化法」的需要，量产计划再次启动，但是为防止叛乱在基本的脑内情报中没有输入感情程序。
绝对能力者进化计划
学园都市能力开发的终极目标是「以凡人之**，领悟天之意志者」，为了更进一步靠近神而需要创造出超越人类的存在――绝对能力者（Level6），以超越人类的存在理解神明的意志。为此诞生了「绝对能力者进化计划」。经过“树形图设计者”精密演算，学园都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有机会进化为绝对能力者（Level6），但是需要二百五十多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者（Level6）。因为没有能使人能够活二百五十年的方法，因此“树形图设计者”有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好一百二十八种战场将超电磁炮杀害一百二十八次，一方通行便可以进化为绝对能力者（Level6）。但是因为无法准备一百二十八个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的「能力者量产计划」中的“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%――也就是「Level2」的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及两万名“妹妹们”也可以达到相同的目的。最初的9802项实验在研究所内进行，而剩下的10198项实验则需要在户外进行，由于涉及到尸体处理问题，所以战场集中在学园都市的第七学区。
黑暗的五月计划
「黑暗的五月计划」是学园都市暗地里进行的，非人道的计划之一。在分析了学园都市最强能力者的演算模式后，将其一部分强行植入他人身体，然后利用人格的稳定性与替换效果而让能力的强度飞跃一个档次的计划。绢旗最爱和黑夜海鸟都是该实验的参与者并以此受益。
监视卫星
学园都市上空有三颗监视用的人造卫星，除了监视之外还有其他功能：
织女星一号卫星所搭载的树形图设计者（TreeDiagram）
由织女一号卫星搭载的树形图设计者是拥有惊人演算能力的超级电脑，可以通过预测世界上所有空气粒子的动向来预知天气，名义目的时分析气象资料，但实际上是用来计算研究实验的结果，诸如药物反应、生理反应、电子反应等，一切都可以交由树形图设计者来演算。为抵御外敌，树形图设计者被安置在学园都市发射的人造卫星“织女星一号”上。但被暴走的茵蒂克斯用“龙王的叹息”击毁。
牛郎星二号卫星所搭载的大口径对地激光炮
由“牛郎星二号”卫星搭载的大口径对地激光炮是利用白色光波进行光学轰炸，目前尚处试验阶段。在对目标进行四千度高温灼烧的同时，白色光波能和紫外线一样破坏细胞核，使其癌变。照射范围最小半径五米，最大半径三公里，每小时可以发射一发。除了搭载光学武器，牛郎星二号的主要任务还是监视学院都市和周边区域。在22卷对右方之火进行炮击时，被右方之火破坏。
黄金黎明
曾是欧洲最早、最大的魔法结社，在很久以前已解体，分散成的小组织统称“黄金系”。亚雷斯塔.克劳利在退出魔法侧成为学园都市理事长之前曾是其中成员。“黄金黎明”魔法结社是目前已知的实力最强组织，但早在故事开始前就已经分裂，原因不明。芭?薇所在的“绯色日照”魔法结社也是其中的一个分支。
英国清教
位于英国的十字教分支，英国三大派系中的“清教派”。内部派系林立，势力复杂。代表英国与学园都市结盟。原型是现实中的英国国教。其中著名的有：
必要之恶教会：英国清教下属“第零圣堂区”，清教的核心。专门为魔女狩猎、异端审问，对付魔术师这些“恶事”设立，久而久之成了清教的核心机构。最高主教罗拉.斯图亚特也是清教实际领导者和最大主教。
天草式十字凄教：幕府时代延续至今的日本地下教会组织。为了躲避幕府追击，将教义彻底的伪装成神道和佛教，因此朝着和其他教会往不同的方向进化。专长是在台面下做事，将偶像原理发挥到极致，能够以对话、吃饭、穿着等看似无所谓的动作进行魔术咏唱或仪式，同时是擅长武器的战斗集团。根据第四集，由于融合佛教、教会、与神道，彼此截长补短，似乎已消除所有弱点。规模很小，只有50人左右的战力。于第七集开始被纳成了英国清教的一部份。神裂火织为其原女教皇。
罗马正教
在世界上，横跨113国，拥有20亿信徒；是世界最大十字教分支。信徒虽多，大多数是不会魔术的一般人，魔术势力和英国差不多。在各种派系的教会组织中特别讨厌科学势力。名义领袖为罗马教皇，实际受着“神之右席”左右。原型是现实中的天主教廷。
于第十一卷结尾向上条当麻发布格杀令。
于第十三卷的“0930”事件后对学园都市宣战。其中除了教皇、司教、“十三骑士”外，还有：
神之右席：魔术势力的最深处势力，罗马正教中最大的地下组织，被称为罗马正教的最终兵器。未详加描述，但似乎是远离一般魔术师的存在。神之右席无法使用一般魔法。成员共四名，并且对照主要的四大天使赋予相对的属性称谓，有“右方之火”、“左方之地”、“前方之风”、“后方之水”四人，实力都是恐怖至极。本是为辅佐教皇而设，但往往引其强大力量反而左右教皇。组织目的似乎是要达到“神上”。受头目右方之火指挥，于第十一集开始对上条当麻展开格杀行动，意图得到其右手。在其他三人均失败后右方之火亲自出动，掌控了正教实权并发起第三次世界大战来完成自己的计划。在第二十二集中，右方之火亦被上条当麻击败后，神之右席名存实亡。
葛利果圣歌队：罗马正教的最终兵器。以3333的修道士组成，向放大镜一般能够增幅魔术。向着被奥雷欧斯?伊萨德所占领的三泽补习班发射攻击魔术，却因为黄金炼成而被反弹后消灭。此外，奥雷欧斯也利用这个原理完成黄金炼成。
俄罗斯成教
位于俄罗斯的十字教分支。专长幽灵狩猎的教会组织。与罗马正教联合。在右方之火指使下操控俄罗斯政府发起第三次世界大战。原型是现实中的东正教。专长幽灵狩猎的教会组织。向鬼火等现象当成是伪装人类灵魂的存在，尽管是真正幽灵也因为是罪人的灵魂，都毫不宽容的加以狩猎。具有能将心灵现像在现场以原本方式呈现的管理缩小再现设备。
有翼者归来
美洲最大魔法组织，总部位于墨西哥一艘废弃油轮上。使用阿兹台克的多种术式，善用人皮伪装成别人。掌握着大量魔法飞艇“云海之蛇”与魔法卫星“太阳之蛇”。曾与美国西海岸的学芸都市开战，遭到御坂美琴的重创。之后组织发生革命推翻旧领导者。现在正在进行将原典用于实战的实验。
术语
魔法
使用异世界的法则引起各种现象的学问。并非针对能力者设计，能力者使用后会引起拒绝反应，最坏的情况还会死亡(包括等级0的无能力者)。就算是非能力者，若信仰心低下的人频繁使用还是有脑袋出问题的危险。“幻想杀手”不属于魔法。
魔法师
使用魔法的一群人，前身必为“没有才能的人们”，即非能力者。
魔法名（拉丁文+数字）（魔法名（ラテン?语+xxx））
魔法师使用魔法的理由，成为魔法师时谨记在心。前面是拉丁文词组，为防止重复后面接数字。数字重复时处置方式不明。
开始流行于19世纪后，是“近代魔法师”的一大标志。
作品中经常战斗时没报上魔法名，因为基本上是属于不允许杀生的宗教，在教会势力中以不喜欢杀生的人居多，且同样信仰者不应该互相残杀。
茵蒂克丝Dedicatus545献身的羔羊守护强者的知识
史提尔马格努斯Fortis931在此证明我乃最强之理由
神裂火织Salvere000对无法拯救的人伸出援手
土御门元春Fallere825背后捅人刀
奥雷欧斯?伊萨德Honos628将我的名誉献给世界
雪莉?克伦威尔Intimus115将一切奉献给已逝故友
欧莉安娜?汤姆森Basis104担任基础者
后方之水Flere210改变落泪理由者(暂译)
术式
魔法的具体运用形式，用途、种类千差万别。
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